用途：比较条件间同一基因主要使用的转录本是否发生切换，并预测功能后果。DTU与DGE、DTE不同：DGE看基因总量，DTE看单个转录本绝对丰度，DTU看基因内转录本比例是否偏移，需多阶段检验控制OFDR，并处理定量不确定性。
主要能力：IsoformSwitchAnalyzeR v2整合统计检验与功能注释；DRIMSeq做基因级DTU预过滤；DEXSeq用负二项GLM做经典DTU；satuRn用拟二项GLM配合经验贝叶斯收缩，适合大规模与单细胞；swish（fishpond）在Salmon Gibbs样本上做不确定性感知检验；stageR对基因级筛选与转录本级确认做两阶段控制。
使用方式：典型流程为Salmon定量后经tximeta/tximport导入；DRIMSeq过滤后接DEXSeq或satuRn，再用stageR得出结果。IsoformSwitchAnalyzeR流程为importIsoformExpression、importRdata、preFilter、isoformSwitchTestSatuRn（任一条件重复数>5时自动选satuRn，否则DEXSeq），再extractSequence并运行外部注释器CPC2、Pfam、SignalP、IUPred2A/DeepTMHMM，最后analyzeORF与analyzeSwitchConsequences。长读长数据可直接importRdata导入转录本计数。
适用场景：疾病相关异构体切换机制研究、治疗性ASO靶点识别、单细胞DTU、长读长DTU、时间序列DTU等。
限制：DEXSeq在样本多或单细胞时慢且耗内存；DRIMSeq过滤参数对低表达数据敏感；satuRn在极小或高度异质队列中收缩受限；swish必须Salmon运行--numGibbsSamples 20；IsoformSwitchAnalyzeR需先运行全部外部注释器，否则后果类型被静默丢弃。NMD预测仅为概率性，约10-20%预测NMD转录本可能逃逸，需结合实验验证。部分流程细节、收费与平台支持暂未提供。