用途:从多重组织图像(如成像质谱流式,IMC)中完成细胞分割,为后续表型分类和空间分析提供细胞掩膜与单细胞数据。
主要能力:使用Cellpose做核分割(model_type='nuclei')与全细胞分割(model_type='cyto2',结合核与膜通道);使用DeepCell的Mesmer做核或全细胞分割(compartment='whole-cell' 或 'nuclear');也可通过steinbock命令行调用Cellpose或DeepCell;从掩膜中提取每细胞每通道平均强度及面积、质心、偏心率等属性;用matplotlib可视化质控;用skimage的expand_labels在仅有核分割时将核扩展近似细胞;保存掩膜为TIFF、单细胞数据为CSV或AnnData(h5ad)。
使用方式:需准备预处理后的图像与核、膜通道索引。核分割示例:model.eval(nuclear_channel, diameter=30, flow_threshold=0.4, cellprob_threshold=0.0)。全细胞可将膜与核堆叠为双通道输入,channels=[1,2]。Mesmer输入形状为(batch, H, W, 2),顺序为[核, 膜],并设置image_mpp。steinbock命令如 steinbock segment cellpose --img processed --model cyto2 --channelwise --nuclear-channel 0 --membrane-channel 1 -o masks。
适用场景:IMC等多重组织图像的单细胞分割与数据导出,衔接预处理、表型分析和空间分析流程。
限制:未提供具体模型版本、硬件要求、准确率或性能对比;示例参数(如直径、阈值、image_mpp)需按实际数据调整;未说明各方法在特定组织或染色面板下的适用性差异。