用途：处理 GTF 与 GFF3 两类标准基因注释格式，两者坐标均为 1-based 且含端点。GTF 层级由 gene_id、transcript_id 隐式表达，属性写法为 key "value";；GFF3 层级由 Parent 属性显式表达，属性写法为 key=value;，并支持 ##FASTA 指令。
主要能力：用 gtfparse 读取 GTF 为表格，按 feature 类型筛选 gene、transcript、exon，按 gene_name 查基因，导出基因坐标并转 BED（GTF 为 1-based，BED 为 0-based，需 start 减 1）。用 gffutils 建库后查询特征类型与数量、按 ID 取基因、取子特征（转录本、外显子），并用 interfeatures 由外显子得到内含子。用 gffread 在 GTF 与 GFF3 间转换、抽取转录本/CDS/蛋白序列、过滤编码基因。用 awk 与 bedtools 抽取 TSS、启动子区、基因体与外显子。
使用方式：pip install gtfparse；pip install gffutils；conda install -c bioconda gffread。典型命令：gffread annotation.gtf -o annotation.gff3；gffread annotation.gff3 -T -o annotation.gtf；gffread -w transcripts.fa -g genome.fa annotation.gtf；gffread -E annotation.gtf 校验。
适用场景：基因、转录本、外显子坐标提取，格式互转，序列抽取，启动子与基因体区间准备，下游区间重叠与邻近分析。
限制：gtfparse 会将全部内容载入内存，超大文件宜改用 gffutils 数据库方式或仅加载指定 feature；gffutils 首次建库较慢，之后查询快；前述细节之外的价格、平台与效果资料暂未提供。