用途:bigWig 是带索引的连续基因组数据二进制格式,体积约为 bedGraph 的十分之一,支持随机访问,适合基因组浏览器展示与程序化读取。本技能覆盖 bigWig 的生成、读取、比较与区域汇总。
主要能力:用 UCSC 工具把 bedGraph 转为 bigWig;用 pyBigWig 读取染色体信息、提取区间值、计算统计量(mean、min、max、coverage、std、sum)与分箱统计;用 pyBigWig 创建 bigWig;用 deepTools 从 BAM 生成归一化覆盖度轨道(RPKM、CPM、BPM),比较或平均多个 bigWig,汇总区域信号并绘制热图;将 bigWig 转回 bedGraph。
必要用法:安装 conda install -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwig ucsc-bigwigtobedgraph 或 pip install pyBigWig;转换前需先排序 bedGraph:sort -k1,1 -k2,2n coverage.bedGraph > coverage.sorted.bedGraph,再执行 bedGraphToBigWig coverage.sorted.bedGraph chrom.sizes output.bw。染色体大小可从 FASTA 索引 cut -f1,2 reference.fa.fai > chrom.sizes 获取。deepTools 安装:conda install -c bioconda deeptools。
适用场景:ChIP-seq、RNA-seq 覆盖度轨道生成与可视化,区域信号提取用于下游分析,多样本比较与热图展示。
限制:bedGraph 必须先按坐标排序;创建 bigWig 时条目须按位置排序;具体平台、收费与效果资料未提供。