用途：将草稿组装（draft assembly）的 contig 利用 Hi-C 数据挂载（scaffolding）为染色体级组装，并做验证与人工校正。
主要能力：Hi-C 数据预处理（bwa 比对、pairtools 解析/排序/去重/拆分）；YaHS 挂载（含错误校正选项）；3D-DNA 流程；SALSA2 挂载（支持多限制酶）；用 cooler 生成与平衡接触矩阵、zoomify 生成多分辨率 mcool；HiGlass 可视化；Juicebox Assembly Tools 人工校正（断开错误连接、排序/定向、合并）；挂载后补洞（TGS-GapCloser、LR_Gapcloser）；验证（seqkit stats、BUSCO、assembly-stats、QUAST 前后对比）；端粒重复检测与染色体重命名。
使用方式：先对草稿组装建索引并比对 Hi-C reads，过滤得到接触数据；再按所选工具运行，例如 yahs draft_assembly.fa aligned.bed -o scaffolds，或 python run_pipeline.py -a draft_assembly.fa -l draft_assembly.fa.fai -b aligned.bed -e GATC -o salsa_output -m yes；随后生成接触图并在 Juicebox 中人工校正，最后补洞与验证。
适用场景：已有 contig 级组装与 Hi-C 数据，需要提升到染色体级的研究流程。
限制：资料未提供各工具的版本、依赖、参数完整说明、运行环境与性能数据；部分步骤（如 3D-DNA 需先运行 Juicer 得到 merged_nodups.txt）依赖外部流程；人工校正需在 Juicebox 中手动完成。