用途：对宏基因组组装基因组（MAG）和分离株组装进行污染检测与基因组质量评估，并可按 MIMAG 标准筛选高质量基因组。
主要能力：CheckM2（推荐）预测完整度、污染度与编码密度；CheckM 原始谱系工作流及 bin_qa_plot、coding_plot、marker_plot 可视化；GTDB-Tk 进行物种分类（classify_wf、de_novo_wf）；GUNC 检测嵌合基因组，输出 pass.GUNC、contamination_portion、clade_separation_score 等列。
使用方式：CheckM2 单基因组运行 checkm2 predict --input assembly.fa --output-directory checkm2_output --threads 16，多基因组用 --input genomes/ --extension fa；CheckM 用 checkm lineage_wf -t 16 -x fa genomes/ checkm_output/ 后 checkm qa 生成汇总；GTDB-Tk 用 gtdbtk classify_wf --genome_dir genomes/ --out_dir gtdbtk_output --extension fa --cpus 16；GUNC 用 gunc run -d genomes/ -o gunc_output -t 16 -e .fa。结果可用 awk 或 pandas 按完整度>90%、污染度<5% 等阈值过滤，并可 join 合并 CheckM2 与 GUNC 结果。
适用场景：MAG 与分离株组装的质控、嵌合体筛查、分类鉴定及去污染（如 MAGpurify、CAT、BlobTools）。
限制：资料未提供各工具的安装方式、数据库下载、运行时间、资源需求及收费信息；具体阈值与参数需依据实际数据调整。