用途：把各样本的定量结果解析为基因×样本计数矩阵，供下游差异表达或单细胞分析使用，并处理链特异性、长度偏差等常见陷阱。
主要能力：
- featureCounts：用 -p --countReadPairs 处理双端（v2.0.2 起 API 变化），-s 指定链特异性，-t exon -g gene_id，读取时以 comment='#' 去除 6 列元数据。
- STAR --quantMode GeneCounts：跳过前 4 行汇总，按链特异性选列，TruSeq Stranded 用第 4 列（reverse）。
- HTSeq：逐样本读取两列 TSV，丢弃 __ 开头汇总行后合并；注意 union/intersection-strict/intersection-nonempty 模式与 -s 匹配。
- Salmon/kallisto：推荐 tximport，用 tx2gene 映射到基因水平；cutoff 从 abundance 的 countsFromAbundance 选项控制，DESeq2 走 offsets 路径，limma-voom 用 lengthScaledTPM，DTU 用 dtuScaledTPM 且 txOut=TRUE；tximeta 可自动关联注释来源。
- RSEM：tximport(type='rsem') 转入，expected_count 非整数由 DESeqDataSetFromTximport 取整，length 为 0 时置 1 避免报错。
- 10X：scanpy read_10x_mtx/read_10x_h5 或 Seurat Read10X；AnnData h5ad、RDS 亦可读取。
使用要点：链特异性未知时先用 RSeQC infer_experiment.py 验证；3' 文库不需要长度校正；注释过滤可按 gene_biotype 保留 protein_coding 等。
限制：需自行核对工具与包版本，版本不符时按报错调整调用；本资料未提供具体收费、平台或效果数据。