用途 该技能面向 RNA 修饰（表观转录组）数据的可视化，主要用于展示 m6A 等修饰在基因组特征（如终止密码子、转录本区域）周围的分布模式。
主要能力
- 使用 Guitar 生成 metagene 图：载入 m6A peaks（BED 格式），结合 TxDb 转录本数据库，展示修饰相对转录本特征的分布，并可保存为 PDF。
- 使用 deepTools 生成定制 metagene：先用 bamCompare 从 IP 与 Input 的 BAM 计算 log2 比值并生成 bigWig，再用 computeMatrix scale-regions 围绕基因区域计算矩阵，最后用 plotProfile 输出 metagene 图。
- 生成浏览器轨迹：用 bamCoverage 以 CPM 归一化生成 bigWig，或用 bedToBigBed 将 peaks BED 转换为 bigBed，供基因组浏览器使用。
- 热图：使用 ComplexHeatmap 展示 peaks 周围的 m6A 信号矩阵，可对行进行聚类并隐藏行名。
使用方式 以 R 与命令行工具为主：R 侧使用 Guitar、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、ComplexHeatmap；命令行侧使用 deepTools（bamCompare、computeMatrix、plotProfile、bamCoverage）与 bedToBigBed。输入包括 m6A peaks 的 BED 文件、IP/Input 的 BAM 文件、genes.bed 和 chrom.sizes 等。
适用场景 适用于表观转录组研究中需要观察修饰分布特征、比较不同样本或区域的信号、以及在基因组浏览器中检查修饰轨迹的场景。
限制 原文未提供关于软件版本、依赖安装、输入数据格式细节、参数含义说明或性能限制的信息，这些内容暂未提供。相关技能包括 epitranscriptomics/m6a-peak-calling（生成用于可视化的 peaks）、data-visualization/genome-tracks（IGV、UCSC 集成）、chip-seq/chipseq-visualization（类似技术）。