用途：对 MeRIP-seq 的 IP 与 input 样本进行比对和质控，为后续 m6A 峰识别或差异甲基化分析准备数据。
主要能力：使用 STAR 构建基因组索引并比对 IP、input 各重复样本，输出按坐标排序的 BAM；使用 samtools 建立索引并查看比对统计；使用 deepTools 的 multiBamSummary 与 plotCorrelation 检查重复样本相关性。
使用方式：先构建一次索引：STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir star_index --genomeFastaFiles genome.fa --sjdbGTFfile genes.gtf。再对 IP_rep1、IP_rep2、Input_rep1、Input_rep2 循环比对，使用 --readFilesCommand zcat 读取压缩 FASTQ，--outSAMtype BAM SortedByCoordinate 输出排序 BAM。随后用 samtools index 建立索引，用 samtools flagstat 查看比对情况；用 multiBamSummary bins 生成 results.npz，再用 plotCorrelation 以 spearman 方法输出 correlation.png。
适用场景：MeRIP-seq 数据进入峰识别或差异甲基化分析前的预处理阶段。
限制：资料未提供软件版本、参数调优建议、阈值标准及运行环境要求；质控判断仅给出“IP 应有峰、input 应均匀”的定性说明，未给出具体数值标准。