用途：该技能用于从 MeRIP-seq 数据中识别不同条件（如处理组与对照组、不同细胞状态）之间的差异 m6A 甲基化位点，属于表观转录组差异分析。
主要能力：提供两条分析路径。一是 exomePeak2 差异分析：先定义样本设计（condition 因子），再调用 exomePeak2() 传入 IP 与 Input 的 BAM 文件、GTF 注释和基因组版本，最后用 results() 按 contrast 提取差异位点。二是 QNB 差异甲基化：需要峰区域的 IP 与 Input 计数矩阵，调用 qnbtest() 并指定分组，再按 padj < 0.05 且 |log2FC| > 1 筛选显著结果。
使用方式：在 R 环境中加载 exomePeak2 或 QNB 包，按示例准备 BAM 文件、GTF、基因组版本或计数矩阵，运行差异分析后可用 ggplot2 绘制火山图，以 log2FoldChange 为横轴、-log10(padj) 为纵轴，并用阈值线标注显著性。
适用场景：比较治疗组与对照组的 m6A 变化、不同细胞状态间的表观转录组差异，以及需要统计显著性与倍数变化筛选差异位点的研究。
限制：资料未提供安装命令、版本要求、运行环境细节、输入数据的具体格式规范、结果解读标准及性能说明；示例中的文件路径、基因组版本和分组需按实际数据替换。相关技能包括 m6a-peak-calling（先做峰识别）、differential-expression/de-results（类似统计概念）和 modification-visualization（绘制差异位点）。