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bio-de-visualization

数据与分析

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更新于 10-16 05:49

技能介绍

用途:面向差异表达(DE)分析结果的可视化,基于 DESeq2 和 edgeR 的内置绘图函数,帮助判断模型拟合、样本聚类与基因表达模式。

主要能力:DESeq2 侧提供 plotMA()、plotPCA()、plotDispEsts()、plotCounts();edgeR 侧提供 plotMD()、plotBCV()、plotMDS();另含样本距离热图、p 值分布直方图,以及用 ggplot2 自绘 MA 图、火山图、带基因标签的火山图、PCA 图和热图。EnhancedVolcano 可用于增强火山图。

必要依赖与安装:library(DESeq2)、library(ggplot2)、library(pheatmap)、library(RColorBrewer)、library(ggrepel);install.packages(c('ggplot2', 'pheatmap', 'RColorBrewer', 'ggrepel'));可选 BiocManager::install('EnhancedVolcano')。PCA 前需 vst(dds, blind = FALSE);距离热图用 dist(t(assay(vsd)));热图用 pheatmap 并可按行做 z-score 标准化。

配色与保存:热图可用 colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = 'RdBu')))(100) 等;保存可用 pdf()/png()/dev.off() 或 ggsave()。

适用场景:RNA-seq 差异表达结果的质控与展示,如样本聚类检查、离散度模型评估、显著基因展示及单基因表达比较。

限制:仅覆盖上述内置函数与示例,未涵盖的函数、平台或收费信息暂未提供;自定义火山/MA/PCA 实现可参考 data-visualization/specialized-omics-plots。