用途:处理 DESeq2 或 edgeR 的差异表达结果,完成提取、过滤、注释与导出,便于识别显著基因并供通路分析等下游使用。
主要能力:
- 提取结果:DESeq2 用 results(dds) 并可选 alpha 阈值与 lfcShrink 收缩;edgeR 用 topTags(qlf, n = Inf)$table;可转为数据框并补基因列。
- 过滤显著基因:按 padj/FDR 阈值(如 <0.05、<0.01)、按 |log2FoldChange| 阈值、区分上调/下调,支持多条件组合过滤。
- 排序:按调整后 p 值、绝对倍数变化或 baseMean 排序。
- 汇总统计:summary(res)、decideTests,或手动统计检验数、显著数、上下调数。
- 基因注释:用 org.Hs.eg.db/org.Mm.eg.db 的 mapIds 映射 SYMBOL、ENTREZID、GENENAME;或用 biomaRt 的 getBM;或合并自定义注释文件。
- 导出:写 CSV、用 openxlsx 生成多工作表 Excel、导出通路分析基因列表(txt)及 GSEA 所需 .rnk 文件。
- 方法比较:取 DESeq2 与 edgeR 显著基因交集/差集,可用 VennDiagram 绘制重叠图。
- 多重检验校正:DESeq2 默认 BH,可用 IHW,或手动 p.adjust(bonferroni/BH/fdr)。
- NA 处理:统计并剔除 padj 为 NA 的基因,检查离群与低计数过滤原因。
使用方式:在 R 中加载 DESeq2(或 edgeR)与 dplyr,按资料示例调用上述函数即可;命令需按原文保持不变。
适用场景:RNA-seq 差异表达下游整理,如挑显著基因、做富集/通路分析与结果导出。
限制:资料仅提供 R 代码用法,未提供运行环境要求、安装步骤、定价或性能数据;实际结果取决于上游分析设置与数据质量。