用途：当集合数量超过 3 至 4 个、Venn 图无法清晰表达交集时，用 UpSet 图展示集合交集。图中以点阵表示每个交集包含哪些集合，上方竖条表示交集大小，左侧横条表示各集合总量。
主要能力：R 端推荐 ComplexUpset（ggplot2 语法、持续维护），支持按基数或度数排序、用 upset_query 高亮指定交集、叠加任意 ggplot 属性面板（如 log2 FC 箱线图、显著比例堆叠条）。UpSetR 为原始实现，自 2019 年 v1.4.0 后无 CRAN 更新，基本停止维护，仅建议用于复现旧图。Python 端使用 upsetplot.UpSet，配合 from_contents 或 from_indicators 构造数据，可设置 subset_size、show_counts、sort_by 与 style_subsets。
使用方式：R 中先把集合列表转为每行一个元素、每集合一列布尔值的长表，再调用 upset()，用 intersect 指定集合列、n_intersections 限制显示数量、sort_intersections_by 选择 cardinality 或 degree。Python 中 from_contents(sets) 得到数据后传给 UpSet 并 plot。
适用场景：基因集重叠、差异表达基因列表比较、通路富集结果对比等。
限制：集合数建议 8 至 10 以内，交集数按 2^N−1 增长，需用 n_intersections 限制（如 20）或预先指定交集；默认按基数排序会让单集合独占项排在最前，掩盖跨集合重叠，可排除单集合或改按度数排序；fromList 输入需先去重（lapply(sets, unique)）；ggplot2 4.0 曾破坏 ComplexUpset 的 upset()（issue #213），可暂时固定 ggplot2 ≤ 3.5.2；Python 与 R 默认排序不同，需显式统一 sort_by。具体版本兼容与修复状态以实际安装为准。