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数据与分析

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更新于 10-16 05:49

技能介绍

用途:在箱线、提琴等分布图上标注组间两两比较的 p 值括号、显著性星号与效应量,帮助图表同时传达差异方向与显著性。适用 ggpubr 0.6+、ggsignif 0.6+、rstatix 0.7+、statannotations 0.6+(Python)、seaborn 0.13+,使用前应核对已安装版本。

主要能力:R 侧用 ggpubr::stat_compare_means、ggsignif::geom_signif、rstatix 的 t_test/wilcox_test 等输出总体或两两比较标注;Python 侧用 statannotations.Annotator 或 scipy.stats 直接添加标注。标注可显示数值 p 或星号(<0.05、<0.01、<0.001、ns≥0.05)。

检验选择须匹配数据:两组独立、近似正态且 N≥30 用 Welch t 检验;非正态或小样本用 Mann-Whitney U;配对数据用配对 t 或 Wilcoxon(paired=TRUE);三组及以上正态用单因素 ANOVA 加 Tukey HSD,非正态用 Kruskal-Wallis 加 Dunn;嵌套数据(如患者内细胞)应用线性混合模型,避免伪重复;生存数据用 log-rank。

多重检验:K 组有 K(K-1)/2 个两两比较,需校正,可选 bonferroni、holm(现代默认,控制 FWER 且更有功效)、BH/fdr(控制 FDR,常用于基因组学)。

限制与常见错误:默认 t 检验未必合适;不做校正会夸大显著性;配对数据误作独立、嵌套数据误作独立会导致 p 值虚高;只显示星号不提供具体 p 值不利复核;仅标注显著比较会带来选择性报告;大样本下极端 p 值不等同于大效应量,应同时报告 Cohen's d、Cliff's delta 或中位数差及置信区间。当检验结论冲突时,应依据数据结构判断并以正确模型为准。