bio-data-visualization-specialized-omics-plots

该技能提供跨分析类型复用的组学常用绘图函数，包括：火山图（任意差异表达结果）、MA图（对数倍数变化数据）、PCA图（高维数据）、富集点图（手动实现，非enrichplot）、带统计的表达箱线图、生存曲线，以及UMAP/tSNE、相关图和拆分小提琴图。R端火山图函数volcano_plot(res, fdr=0.05, lfc=1, top_n=10)基于ggplot2与ggrepel，按padj与log2FoldChange划分Up/Down/NS并标注前若干基因；Python端volcano_plot(df, fdr=0.05, lfc=1, ax=None)用matplotlib与numpy实现相同分类与阈值虚线。MA图函数ma_plot(res, fdr=0.05)以log10(baseMean)对log2FoldChange着色标记显著点。PCA的R函数pca_plot(vsd, intgroup='condition', ntop=500)取方差最大基因做prcomp并加95%置信椭圆；Python函数pca_plot(df, metadata, color_by, ax=None)用sklearn PCA按分组着色。enrichment_dotplot(enrich_result, top_n=20)以GeneRatio为横轴、Count为点大小、p.adjust为颜色画富集点图。expression_boxplot(df, gene, group_var)用ggpubr加t检验显著性标记。UMAP/tSNE通过scanpy的sc.pl.umap调用。相关图用corrplot对基因矩阵做Pearson相关并层次聚类排序。生存曲线用survival与survminer的survfit加ggsurvplot，含风险表与p值。使用方式为将上述函数复制到R或Python脚本中，传入对应数据对象调用。限制：文档未提供安装命令、性能、收费、平台支持或效果保证等信息；DESeq2/edgeR内置函数与enrichplot专用函数需参考其他技能。