用途：把对齐后的 DNA、RNA 或蛋白质基序序列渲染成序列标识图，每个位置堆叠字母的总高度表示信息量，单字母高度对应碱基/氨基酸频率，从而直观呈现保守性。
主要能力与工具：ggseqlogo（R，默认规范选择）接受 PWM 矩阵或等长对齐序列向量，用 method='bits' 或 'probability'，可显式传 bg_freq 做基因组背景校正，支持 col_scheme 与多基序列表堆叠。Logomaker（Python）最灵活，用 logomaker.transform_matrix 在 counts、information、weight 之间转换，weight 矩阵可配合 flip_below=True 显示耗竭碱基，可自定义字母表。WebLogo（CLI）可脚本化输出 PDF 等格式。EDLogo 采用观测对背景的 log-odds，支持耗竭残基显示。
关键区分：bits 编码中位置高度为 log2(K)−H(p)，DNA 最大 2 bits、蛋白质最大约 4.32 bits，全保守位置为最大值，均匀位置为 0；probability 编码每个位置总高度恒为 1，无法体现保守性差异。除非有特定理由，默认使用 bits，例如 TF 结合位点、剪接位点等。
用法要点：传入等长对齐序列或 PWM，选择编码方式，按基因组组成设置背景（如人类 A=0.29、C=0.21、G=0.21、T=0.29），核对矩阵方向（Logomaker 以位置为行），必要时指定 seq_type='rna' 或自定义配色。
适用场景：TF 结合基序、剪接位点、CRISPR sgRNA 位置组成、蛋白质基序（如激酶底物）、差异基序比较等。
限制：多数工具要求等长输入，需先比对或裁剪；小样本（如 N=5）会因信息量偏差显得过于保守，可信基序通常建议 N≥20、理想 N≥100；不同字母表最大信息量不同，DNA 与蛋白质标识不可直接叠放比较；默认背景为均匀分布，对非均匀基因组会高估或低估信息量；不同工具默认背景和小样本校正不同可能导致图形高度不一致，需统一背景与 N 后重算。所有工具版本需以实际安装为准，若报 ImportError、AttributeError 或 TypeError 应检查已安装包的 API 后适配，而非重试示例。