用途：从GWAS、TWAS、PWAS和QTL汇总统计生成Manhattan、Miami、QQ及locuszoom风格区域图，并做基因组膨胀诊断。
主要能力：Manhattan图按染色体绘制每个变异的-log10(p)；QQ图比较期望与观测p分位数并计算λGC；Miami图用镜像轴叠加两个性状；locuszoom风格区域图放大位点，按与lead SNP的LD r²着色，叠加重组率和基因轨道。R侧工具为qqman::manhattan/qq、CMplot::CMplot、locuszoomr::locus_plot；Python侧可用matplotlib+pandas自定义或assocplots。
关键用法：显著性阈值随分析而定，常见变异GWAS为5e-8，WGS为5e-9，TWAS/PWAS按Bonferroni（如0.05/基因数），跨族裔荟萃分析常用5e-9。λGC由观测p转卡方后取中位数除以0.4549得到，1.00±0.02为校准良好，>1.05需关注，>1.10提示混杂，可用LD-score回归区分混杂（截距）与多基因信号（斜率）。极端峰建议将y轴截断在25-50并用箭头标记，或拆分坐标轴。qqman::manhattan按输入行顺序绘图，需先按CHR、BP排序。区域图LD参考必须与GWAS人群匹配。
适用场景：GWAS/TWAS/PWAS/QTL结果的位点可视化、双性状共享位点比较、区域精细定位前的展示。
限制：资料未提供具体安装命令、收费与平台信息；小样本、稀有变异和不平衡病例对照需使用SPA或Firth校正工具（如SAIGE、REGENIE），否则p值可能反保守。