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bio-data-visualization-lollipop-protein-maps

数据与分析

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:将某基因的突变绘制到蛋白质结构域图上,用水平蛋白骨架加彩色结构域矩形,在突变氨基酸位置堆叠竖线并以圆圈封顶,圆圈大小反映突变计数、颜色编码变异类别,用于识别热点残基(如 KRAS G12、PIK3CA E545/H1047)。

主要能力:R 侧提供 maftools::lollipopPlot(自动查询 Pfam 域坐标,输出 ggplot2 对象,支持 labelPos 标注热点、printCount 显示计数、lollipopPlot2 双队列上下对比)、trackViewer::lolliplot(自定义域来源、多蛋白堆叠、精细轨道布局)、g3viz::g3Lollipop(生成可交互 HTML,含悬停提示与筛选)。Python 有 pyLollipop(维护有限),Web 端有 cBioPortal、ProteinPaint、MutationMapper。域注释来源包括 Pfam、UniProt、InterPro 及自定义。

必要用法:maftools 需 MAF 文件与 HGVSp_Short 列,示例 lollipopPlot(maf = maf, gene = 'TP53', AACol = 'HGVSp_Short', printCount = TRUE);trackViewer 需构建 SNP 与 feature 的 GRanges 后调用 lolliplot;g3viz 用 hgvspChange2protein 转换后调用 g3Lollipop 输出 HTML。使用前应核对版本(maftools 2.18+、trackViewer 1.38+、g3viz 1.2+、Bio.PDB 1.83+)。

适用场景:热点定位、错义与截断分布对比、双队列比较、可成药位点注释。

限制:堆叠高度表示复发而非人群频率;大小编码在约 10 以上会视觉饱和,需 printCount;需注意异构体编号不一致、Pfam 缓存过期、低覆盖区假热点;新热点主张需在 TCGA Pan-Cancer 与 ICGC 中验证,并可用 MutSig 检验。资料未提供具体收费与平台信息。