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bio-data-visualization-genome-browser-tracks

数据与分析

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更新于 10-16 05:49

技能介绍

用途:生成基因组浏览器轨道可视化,用于论文级基因组视图展示。

主要能力:支持 pyGenomeTracks(INI 配置)、IGV 批处理脚本和 R 的 Gviz。可绘制 bigWig 覆盖度、BED/narrowPeak 峰、基因注释(GTF/BED12)、BEDPE 交互弧线、Hi-C 矩阵等轨道,支持多区域批量出图和多样本对比。

使用方式:pyGenomeTracks 使用 --tracks tracks.ini --region chr1:1000000-2000000 --outFileName region.png --dpi 300 出图,INI 中按轨道类型配置 file、title、height、color 等;也可通过 Python subprocess 调用。IGV 批处理用 igv -b igv_batch.txt 运行,脚本内使用 new、genome hg38、load、goto、snapshot、exit 等命令。Gviz 在 R 中构建 GenomeAxisTrack、GeneRegionTrack、DataTrack、AnnotationTrack 后 plotTracks。

适用场景:多区域或多样本的基因组视图对比,Hi-C 矩阵展示,论文图导出(PNG、PDF、SVG,可指定 dpi 与 width)。

限制:具体运行环境、依赖版本、参数默认值和输出上限暂未提供,需以实际工具文档为准。