用途:用环形布局(Circos 风格)展示基因组尺度数据,包括染色体 ideogram、多数据轨道(散点、直方图、热图)以及表示相互作用的弧线/弦,用于结构变异、拷贝数、易位、Hi-C 接触等可视化。
主要能力与用法:
- R 用 circlize:circos.initializeWithIdeogram 初始化染色体,circos.genomicTrack / circos.genomicDensity / circos.genomicHeatmap 叠加轨道,circos.link 添加染色体间连接;绘图结束必须调用 circos.clear(),否则 circos.par 全局状态会污染下一张图。
- Python 用 pyCirclize:Circos(sectors, space=2),逐 sector 添加 axis 与 track(如 track.bar),circos.link 绘制跨区段连接,plotfig() 保存图像。
- Perl 用 Circos CLI:配置文件驱动,circos -conf circos.conf -outputfile output.png,最灵活但学习曲线最陡。 参考示例测试版本:circlize 0.4.16+、pyCirclize 1.4+、Circos 0.69-9、ComplexHeatmap 2.18+;版本不同需用 packageVersion/help 或 pip show/help 核对 API。
适用场景:染色体邻接有意义的全基因组 CNV 汇总、SV 连接图、染色体级 Hi-C 接触热图、单样本突变环形核型图。
限制与注意事项:环形对数值精确比较弱于笛卡尔坐标(Cleveland-McGill 1984;Heer-Bostock 2010),类别比较、时间序列、通路图等不应使用环形。连接过多(约超过 5000)会中心发黑,需过滤或聚合。默认 sector 顺序为输入顺序,应显式设置 chromosome.index;species 需与数据坐标一致;小染色体标签易重叠,可加大 gap.degree 或缩小字号;ideogram 过高会挤压数据轨道,可降低 cytoband.height 或省略 ideogram。若只需线性展示,可考虑 karyoploteR。其他功能与收费信息暂未提供。