用途：从已比对的 CLIP-seq 数据中调用蛋白-RNA 结合位点峰值，用于识别 RBP 结合位点。
主要能力：提供多种峰值调用工具。CLIPper 为推荐工具，支持 FDR 阈值、superlocal 背景、自定义基因注释和中间数据保存。PureCLIP 基于 HMM 建模交联位点，结合富集与截断信号，支持输入对照、线程数、区间限制和合并距离设置，可输出单核苷酸交联位点与较宽结合区域，并针对 eCLIP、iCLIP、PAR-CLIP 提供不同参数。Piranha 支持 p 值阈值、链特异性分析和零截断负二项分布。此外还涉及 PEAKachu（PAR-CLIP）与 MACS3 替代方案。
使用方式：CLIPper 基本命令为 clipper -b deduped.bam -s hg38 -o peaks.bed --save-pickle；PureCLIP 需安装 conda install -c bioconda pureclip，基本命令为 pureclip -i deduped.bam -bai deduped.bam.bai -g genome.fa -o crosslink_sites.bed -or binding_regions.bed -nt 4；Piranha 基本命令为 Piranha -s deduped.bam -o peaks.bed。还包含按链拆分 BAM、过滤峰值、合并重复样本、计算 FRiP 等步骤。
适用场景：RBP 结合位点鉴定、不同 CLIP 类型分析、峰值质量评估。
限制：资料未提供各工具的具体版本要求、运行时间、内存需求及平台兼容性信息；部分参数默认值需参考工具文档。