bio-clinical-databases-variant-prioritization

用途：面向罕见病分析的变异优先级排序，按致病性、人群频率和临床证据过滤并排列候选变异。资料给出基础过滤、ACMG风格过滤、多数据库注释、遗传模式过滤与优先级分层流程。主要能力：基础流程保留gnomAD等位基因频率小于0.01的罕见变异，并按ClinVar致病性术语（Pathogenic、Likely_pathogenic等）或未收录、意义未明情况进行优先排序；ACMG风格过滤中，PM2为gnomAD罕见，PVS1为功能丧失后果（frameshift、stop_gained、splice_donor、splice_acceptor），并据布尔证据累加priority_score；多数据库流程使用myvariant.MyVariantInfo().getvariants获取clinvar.clinical_significance、clinvar.review_status、gnomad_exome.af.af、cadd.phred、dbnsfp.revel.score，将CADD phred大于20视为可能有害、REVEL大于0.5视为可能致病，并以ClinVar致病10分、罕见3分、CADD 2分、REVEL 2分计算priority；遗传模式过滤按AD取HET且gnomAD AF小于0.0001，按AR取HOM或同一基因两个以上HET作为复合杂合候选；分层输出Tier 1强致病证据、Tier 2潜在致病、Tier 3意义未明、Tier 4可能良性。使用方式：以pandas DataFrame为输入，调用上述函数，注释依赖myvariant包。限制：资料未提供完整安装命令、环境版本、性能与临床验证信息；阈值（AF 0.01、0.0001、CADD 20、REVEL 0.5）与评分权重仅为示例规则，需结合实际情况核对；不构成临床诊断依据。