用途：从 H3K27ac ChIP-seq 数据中识别超级增强子（SE）。超级增强子是由 H3K27ac、Med1、BRD4 标记的大型增强子簇，常调控细胞身份基因，并在疾病和癌症中发生改变。
主要能力：以 ROSE（Rank Ordering of Super-Enhancers）为核心，输入 BAM、峰文件（BED/GFF）和基因组注释，输出全部增强子表、超级增强子表、带 SE 注释的 BED 及曲棍球杆图。关键参数包括拼接距离 -s（默认 12500 bp）、TSS 排除 -t（默认 2500 bp）及对照 BAM -c。还提供 HOMER（findPeaks -style super）和 SEanalysis（R 包 identifySE）等替代方法，以及自定义 R 曲棍球杆分析。
使用方式：先克隆 ROSE 仓库（git clone https://github.com/stjude/ROSE.git），依赖 samtools、R、bedtools。将 BED 峰转换为 GFF，过滤启动子峰后运行 ROSE_main.py。下游可用 bedtools closest 做基因指派、用 GenomicRanges 比较条件间差异 SE、用 bedtools intersect 评估 GWAS 变异富集。
适用场景：研究细胞身份基因、癌症相关调控元件、疾病变异富集及条件间 SE 差异。
限制：资料未提供具体性能、收费或平台信息；需自行准备匹配的基因组注释和对照数据。