用途：bedGraph 是用于在基因组浏览器中展示连续数值数据（如覆盖度、信号强度、评分）的文本格式，本技能整理其创建、操作与转换方法。
格式：四列 chrom、start、end、value，坐标为 0 基、半开区间，可带 track 行。
主要能力与用法：
- 从 BAM 生成：bedtools genomecov -ibam sample.bam -bg > sample.bedgraph，支持 -split、-scale、-strand、-5 等选项。
- CPM 归一化：用 samtools view -c -F 260 统计 reads，再用 bc 计算缩放系数后传给 -scale。
- 排序：sort -k1,1 -k2,2n，转 bigWig 前必须排序。
- 转 bigWig：bedGraphToBigWig sample.sorted.bedgraph chrom.sizes sample.bw；chrom.sizes 可由 samtools faidx 或 fetchChromSizes 生成。
- 边界裁剪：bedClip。
- bigWig 转回：bigWigToBedGraph，可按染色体或区间导出。
- 合并多样本：bedtools unionbedg，可配合 awk 求平均。
- 区域统计：bedtools map 求 mean/sum/max；可做背景扣除、log2 变换、平滑。
- Python：pyBigWig 可写 bedGraph、读取 bigWig 区间。
- deepTools：bamCoverage、bamCompare、bigwigCompare 支持 RPKM/CPM/BPM 归一化与比值计算。
- 过滤与分箱：awk 按值过滤、bedtools intersect 取区域、makewindows 分箱、map 聚合。
- 质控：检查重叠区间、验证排序、查看值域。
适用场景：ChIP-seq、RNA-seq 等覆盖度与信号可视化，多样本比较，基因组浏览器展示。
限制：bedGraph 为文本格式，体积较大；转 bigWig 前必须排序并裁剪到染色体边界；具体工具需另行安装，资料未提供安装命令与版本要求。