bio-atac-seq-single-cell-atac

用途：处理和分析单细胞 ATAC-seq 数据，支持 10X scATAC 与 10X Multiome（同一细胞配对 RNA+ATAC）。主要能力：从 cellranger 输出构建 per-cell fragment 矩阵，做 per-cell 质控、降维（TF-IDF+LSI/spectral/autoencoder）、聚类、cluster 级 pseudobulk peak calling、基因活性评分注释细胞类型，Multiome 可与 scRNA-seq 通过 WNN 整合。生态选择：Signac（R/Seurat，适合 Multiome 与中小数据）、ArchR（R/Arrow，适合 >100K 细胞与轨迹分析）、SnapATAC2（Python/AnnData，适合 >1M 细胞）、Cell Ranger ATAC 仅作预处理。用法要点：Signac 用 CreateChromatinAssay 后 RunTFIDF、RunSVD，UMAP 与聚类需跳过第 1 主成分（dims=2:30）；ArchR 用 createArrowFiles、addIterativeLSI，TileMatrix 用于聚类、PeakMatrix 用于差异与 motif；SnapATAC2 用 pp.import_fragments（2.8+，旧版为 pp.import_data），要求整数计数。质控参考：fragment 数 3000-50000、TSS 富集 >=4、nucleosome signal <=4、FRiP >=0.15、线粒体比例 <0.05、blacklist 比例 <0.05。双细胞检测可用 AMULET、ArchR addDoubletScores、scDblFinder，建议取多工具交集。限制：per-cell 阈值比 bulk 宽松；cellranger-atac 与 cellranger-arc 输出结构不同，混用 barcode 会静默失败；小 cluster（<200 细胞）pseudobulk 不足以可靠 call peak；方法学持续演进，使用前需核对版本与参数。