用途：在 ATAC-seq 数据中检测转录因子（TF）结合足迹，即开放区域内 Tn5 切割减少的 6-20 bp 短片段，反映 TF 对 DNA 的保护。核心步骤包括 Tn5 序列偏好校正、逐碱基足迹打分和基序锚定检测。
主要工具：TOBIAS（ATACorrect→ScoreBigwig→BINDetect 三步流程，支持差异结合分析）；HINT-ATAC（rgt-hint footprinting --atac-seq，单步 HMM）；Wellington（pyDNase，源自 DNase）；scprinter（多尺度、单细胞感知）。多数工具建议核 reads ≥50M，足迹功效在 100M 以上趋于饱和。
关键要点：Tn5 有强序列偏好，必须做偏好校正，否则足迹反映酶偏好而非 TF 结合。Tn5 双链切割有 +4/-5 bp 错位，需在计数前移位。非模式生物需裸 DNA 对照。不同 TF 家族足迹特征不同：CTCF 为金标准，核受体结合短暂，先锋因子足迹不对称，短基序 TF 接近分辨率极限。
用法示例：TOBIAS ATACorrect --bam sample.dedup.bam --genome hg38.fa --peaks consensus_peaks.bed --blacklist hg38-blacklist.v2.bed --outdir corrected/ --cores 8；随后 ScoreBigwig 与 BINDetect。NFR 过滤可用 samtools view -h sample.bam | awk 'substr($0,1,1)=="@" || ($9 > 0 && $9 < 100) || ($9 < 0 && $9 > -100)' | samtools view -b > sample.nfr.bam。
限制：低深度下弱结合 TF 不可靠；部分 ZBTB 家族难以产生可靠足迹；单工具结果应视为探索性，高置信报告建议双工具一致或与 ChIP-seq 重叠 >50%。具体版本兼容与参数需按实际安装核对。