用途：从 scATAC-seq 数据推断顺式调控连接（峰-峰共可及性），输出带共可及性评分的峰对图，阈值化后得到增强子-基因候选对。共可及性是细胞间共变异的统计关联，不是 3D 接触，与 Hi-C/Micro-C 一致性约 30-50%。
主要能力与工具：Cicero 对聚合元细胞做 graphical lasso，输出峰对连接分（0-1），与 Monocle3 集成；ArchR getCoAccessibility 是 ArchR 内 Cicero 封装，适合大数据集；SCENIC+ 结合 ATAC+RNA+motif 推断 TF 驱动网络；Signac LinkPeaks 用配对 RNA 相关性做峰-基因连接；GeneHancer/FANTOM5/EpiMap 为预计算参考。
使用方式：Cicero 流程为构建 Monocle3 CellDataSet、LSI+UMAP 降维、make_cicero_cds 聚合元细胞、run_cicero 计算连接并阈值过滤。ArchR 用 addCoAccessibility 与 getCoAccessibility。SCENIC+ 以 Snakemake 流程运行：scenicplus init_snakemake --out_dir scplus_pipeline/ 后执行 snakemake。
适用场景：仅有 ATAC 时做增强子-启动子推断；ArchR 生态内分析；Multiome 用 LinkPeaks 或 SCENIC+；与 Hi-C 比较时用 Cicero 输出重叠 HiCCUPS loops。
限制：Cicero 对 alpha 敏感、元细胞聚合会稀释细胞类型特异连接、默认仅 500 kb 顺式；SCENIC+ 需 Multiome 且计算重；LinkPeaks 仅限 Multiome；共可及性不能替代 Hi-C 等物理接触方法。使用前需核对包版本与参数。