用途：对 ATAC-seq 文库做质量评估，回答“文库是否达到 ENCODE 质量标准”，并诊断失败原因。
主要能力：计算七项经典指标——测序深度、比对率、线粒体读段比例、文库复杂度（NRF/PBC1/PBC2）、插入片段大小周期性、TSS 富集、FRiP，并与 ENCODE 4 阈值比较。支持跨重复样本相关性（deepTools multiBamSummary、plotCorrelation、plotFingerprint）、preseq 复杂度外推、性染色体 QC（chrY 读段比例、XIST 位点可及性）、细胞周期影响评估、spike-in 归一化，以及汇总为 MultiQC 可读的 PASS/FAIL 报告。
必要用法：CLI 使用 picard CollectInsertSizeMetrics、samtools flagstat/idxstats、deeptools plotFingerprint 与 computeMatrix reference-point + plotProfile；R 使用 ATACseqQC::TSSEscore、fragSizeDist、PTscore；Python 用 pysam 与 pyBigWig 自行计算 NRF/PBC 和 TSS 富集。示例命令：preseq c_curve -B sample.bam -o sample.ccurve.tsv -s 1e6；preseq lc_extrap -B sample.bam -o sample.lcextrap.tsv -e 200000000 -s 5000000。
限制：ENCODE 阈值因物种而异，小鼠 TSS 富集 ≥5 可接受，非模式生物无公开阈值；ENCODE 与 ATACseqQC 的 TSS 富集算法不同，数值不可直接比较；NRF/PBC 需在去重前计算；线粒体比例过高或过度转座等失败通常无法事后修复，需重新建库。资料未提供具体安装命令与收费信息。