用途：从已比对的 ATAC-seq BAM 中识别 Tn5 高敏开放染色质区域，将片段视为插入事件而非 ChIP-seq 的蛋白结合区域，并处理无 input 对照的问题。
主要能力：提供 MACS2/MACS3、Genrich、MACS3 hmmratac（原 HMMRATAC）、HOMER 及 nf-core/atacseq 等调用方式；覆盖 ENCODE 4 标准流程、IDR 可重复峰筛选、黑名单过滤、有效基因组大小选择、单样本旋转置换、超级增强子注释（ROSE/LILY）以及 NFR-only 调用。
必要用法：ENCODE 规范命令为 macs2 callpeak -t atac.bam -f BAM -g hs -n sample --nomodel --shift -75 --extsize 150 --keep-dup all -B --SPMR -p 0.01；注意 -f BAMPE 会忽略 --shift/--extsize。HMM 单样本用 macs3 hmmratac -i atac.bam -n sample --outdir hmm_out；联合重复用 Genrich -j -t rep1.bam,rep2.bam -o peaks.narrowPeak -e chrM -E blacklist.bed。IDR 需先按第 8 列排序，再以 --rank p.value 运行。
适用场景：有 2-3 个重复且深度≥25M 的 bulk ATAC 推荐 MACS2+IDR；单样本用 MACS3 -q 0.05 且不跑 IDR；深度≥30M 且关注核小体结构可用 hmmratac；宽开放域用 --broad；FFPE 等片段分布平坦样本避免 HMMRATAC。
限制：HMMRATAC 需约 30M 去重核 reads，内存与耗时高；Genrich 文献较少且对深度库较慢；HOMER 窗口宽度需手动调整；chromap 输出已含 Tn5 位移，不可再叠加 --shift/--extsize；ENCODE 3 与 4 结果数值不可直接比较；有效基因组大小错误会偏移 q 值。具体版本兼容与参数细节以资料为准，未提供的信息暂未说明。