SuperAPI AI 工具集

unibind-database

数据与分析

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更新于 10-15 21:53

技能介绍

用途:通过封装脚本查询 UniBind 数据库,获取经实验验证的转录因子(TF)与 DNA 直接相互作用数据集。UniBind 整合 9 个物种的 ChIP-seq 峰与 JASPAR TF 结合谱(基于 DAMO 框架)。

主要能力:列出物种、集合、细胞系与 TF;按物种、TF 名、细胞系、集合、数据来源、标识符、JASPAR ID、模型、p 值阈值等过滤数据集;查看数据集详情;下载 TFBS 的 BED/FASTA 文件。

使用方式:需先安装 uv 并确保其在 PATH 中。若工作区根目录不存在 .licenses/unibind_database_LICENSE.txt,需先提示用户查看 https://unibind.uio.no/ 与 https://unibind.uio.no/api/overview 的条款,再创建记录通知文本与时间戳的文件。查询命令默认向 stdout 输出 JSON,例如:uv run <SKILL DIR>/scripts/unibind_api.py list_species。下载命令:uv run <SKILL DIR>/scripts/unibind_api.py download_tfbs "EXP047889.HMLE-Twist-ER_breast_cancer.SMAD3" --output-dir /tmp/tfbs --format bed。

规则与限制:始终使用提供的封装脚本而非直接访问数据库,脚本会自动遵守速率限制。list_cell_lines 与 list_tfs 输出较大,建议用 jq 或 uvx --from jmespath jp 提取字段。可用 --output 保存结果,--page 与 --page-size(最大 1000)分页,--order 排序。不要用它查询特定基因组区间、位置或基因,不要猜测基因组坐标,不要用于 motif 模型(PFM,改用 jaspar-database 技能),不要用于基因表达数据,不要仅凭数据集列表推断组织特异性表达,不要用 cat 读取大型 JSON 输出。使用时需在输出中提及本技能。