用途:该技能通过 UCSC Genome Browser 获取进化约束评分与保守元件,以及转录因子结合位点(TFBS)。可用于判断非编码变异是否命中自共同祖先以来未变的位点(致病性强信号),或在调控元件中查找保守峰。
主要能力:scripts/get_conservation.py 获取 phyloP、phastCons 评分,支持 --conserved-elements 取极端约束的预定义区块,--analyze 计算均值/最小值/最大值并提供 is_accelerated 布尔启发式。scripts/get_tfbs.py 按区间与 --tracks 查询 TFBS,可多轨道并用 --tf-filter 过滤 TFName。scripts/list_tracks.py 按 --search 或 --group 列出可用轨道。默认使用 hg38;--collection 可选 vertebrate(默认,100 脊椎动物)、mammal(Hiller 470 路)、primate(30 灵长类),hg19 另有 vertebrate46 等旧版集合。
使用方式:均以 uv run 执行脚本并传 --output 重定向输出,示例:uv run scripts/get_conservation.py --coordinates "chr1:215867804" --output /tmp/cons_output.json。前提:按 uv 技能说明安装 uv 并置于 PATH。若工作区根目录不存在 .licenses/ucsc_conservation_and_tfbs_LICENSE.txt,需提示用户查看 https://genome.ucsc.edu/conditions.html 与 https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/api.html,并创建记录文件(含通知文本与时间戳)。始终使用封装脚本而非直连数据库,脚本会自动限速;输出过大时应写文件后用 jq 等解析,不要直接 cat 或打印到标准输出。使用本技能须在输出中说明。
适用场景:单碱基或碱基列表的 SNV 约束查询(phyloP 更适合单碱基);非编码调控元件保守峰识别(phastCons 因 HMM 平滑更适合功能窗口);评估位点是否加速演化;识别可能破坏 TF 结合的变异。
限制与注意:哺乳动物轨道不适用于跨全部脊椎动物的深层演化分析,应使用默认脊椎动物集合;本技能不提供祖先核苷酸重建,仅度量位点变化程度;低保守不等于中性/无用,也可能源于局部高突变率;jaspar、ReMap 等无年份名常为容器轨道并返回 400 错误,应使用具体子轨道(如 jaspar2026);JASPAR 轨道结果可能极大,建议用 --tf-filter。除用户明确要求外不要使用 hg19。