用途:通过内置 Python CLI 以编程方式查询 STRING 数据库,获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、功能富集和同源信息。
主要能力:支持标识符映射、互作与网络分析(互作蛋白、网络拓扑、中介蛋白、同源、网络图)、富集与功能注释(GO、KEGG、Pfam 通路富集、PPI 显著性、按术语查找相关蛋白),以及基于排名的富集分析(提交 logFC、p 值等实验数据,使用异步后台 API)。
使用方式:CLI 位于 scripts/string_cli.py,需用 uv run 执行,例如 uv run scripts/string_cli.py <command> [options] --output /tmp/out.tsv。使用前需阅读 uv 技能并确保 uv 已安装且在 PATH 中。若工作区根目录不存在 .licenses/string_database_LICENSE.txt,需先显著提示用户查看 https://string-db.org/cgi/access 的条款,再创建记录通知文本与时间戳的文件。
核心规则:STRING API 需要 NCBI Taxon ID,必须询问用户物种,不得猜测或默认人类,即使对 TP53、BRCA1、MDM2 等常见人类相关蛋白也必须先询问。必须使用 --output <file.tsv>,不得将输出打印到 stdout,也不要把大输出读入上下文,应使用 jq、python 或 grep、head 等文件操作处理。若只有常见基因名,应先用 map 命令映射为 STRING ID,以加快服务器响应。使用该技能时需在输出中提及。
适用场景:需要程序化查询 STRING 的蛋白质互作、功能富集、同源或排名富集分析时。
限制:必须提供物种 Taxon ID;必须指定输出文件;大结果需外部工具处理;使用前需完成 uv 安装与许可通知流程。具体命令参数与各功能域细节需查阅对应参考文件,资料未提供完整命令列表。