用途:该技能封装 Reactome 的 Analysis Service 与 Content Service,用于对基因/蛋白列表做通路富集(过表征)分析、按 token 取回结果、标识符映射、反应参与者查询、通路层级导航、图表导出、跨库交叉引用与知识库搜索。Reactome 是免费开源、经人工审编的通路数据库。
主要能力:单标识符与批量富集分析;token 结果检索(含未找到实体、资源、物种过滤、通路反应);结果下载(JSON/CSV/PDF);标识符映射与投影;反应参与者与机制;复合物/集合成员查询;祖先与子事件导航、顶层通路;PNG/SVG 图表导出并高亮基因;交叉引用映射;搜索与按 ID 查询条目;物种比较。
使用方式:前置需安装 uv 并加入 PATH。若工作区根目录不存在 .licenses/reactome_database_LICENSE.txt,需先提示用户查看 https://reactome.org/license 与 https://reactome.org/cite,再创建记录通知文本与时间戳的文件。CLI 位于 scripts/reactome_analysis.py,用 uv 运行,例如:uv run scripts/reactome_analysis.py <command> [options] --output /tmp/out.json。可用 --help 查看子命令与参数。每个子命令必须用 --output 写文件,不要依赖 stdout。默认物种为 Homo sapiens,可用 --species 覆盖。token 7 天过期。可用 --fdr 0.05 或 --pvalue 0.01 过滤。标识符自动识别基因符号、UniProt、Ensembl、ChEBI、OMIM、EntrezGene 等。大输出用 --summary 截断,避免超过 1MB 工作区限制。使用该技能需在输出中提及。
适用场景:通路富集、基因表达数据通路注释、跨物种比较、通路图导出与基因高亮、跨库标识符解析。
限制:需联网访问 Reactome 服务;token 有效期 7 天;大结果需截断;具体收费、价格与平台信息暂未提供。