用途:QuickGO 是 EMBL-EBI 的 GOA 团队维护的 GO 与 ECO 在线浏览器,用于探索基因产物(蛋白质、RNA、复合物)的功能属性,把基因(如 USH2A)关联到生物学过程、分子功能和细胞组分。本技能提供 Python CLI 包装脚本 scripts/quickgo_tool.py 查询 QuickGO REST API,自动处理请求格式、限速并安全保存较大的 JSON 响应。
主要能力:包含四个子命令。go 获取 GO 术语信息(定义、祖先、后代、slim);annotation 查找基因产物与 GO 术语的功能注释,是主要的功能映射入口;geneproduct 把基因符号解析为正式数据库标识符;eco 查询证据与结论本体术语,用于判断注释来源(实验或电子推断)。
使用方式:需先安装 uv 并确保其在 PATH 上。若工作区根目录不存在 .licenses/quickgo_database_LICENSE.txt,需先提示用户查看 https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ 与 https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/api/index.html 的条款,再创建记录通知文本与时间戳的文件。始终使用包装脚本而非直接访问数据库;用 --limit 100 与 --page 分页,单页最多 100 条;用 --output 保存响应或配合 jq 解析。常用流程包括:先解析基因符号到 UniProtKB ID 再查注释,例如 uv run scripts/quickgo_tool.py geneproduct search --query "PROC" --taxonId 9606 --limit 5 --output proc_id.json,再执行 uv run scripts/quickgo_tool.py annotation search --geneProductId "UniProtKB:P04070" --taxonId 9606 --evidenceCode "ECO:0000269" --limit 50 --output proc_annotations.json;按 GO 术语找基因,如 --goId "GO:0003700";用 go terms --ids 查定义或 --relation ancestors 查祖先;用 go slim --slimsToIds 与 --slimsFromIds 生成 GO Slim 汇总。
适用场景:人类或临床基因组数据的功能注释映射、通路基因集合查找、GO 层级探索与高层面功能汇总。
限制:需遵守 QuickGO 条款与限速;建议优先使用实验证据 ECO:0000269 而非电子证据 ECO:0000501 以减少噪声;分析人类数据时用 --taxonId 9606 过滤;使用本技能需在输出中注明。其他收费、价格或平台信息暂未提供。