用途：该技能用于可视化、分析和渲染蛋白质及分子结构，适合需要生成结构图像、进行结构分析或批量渲染的场景。所有 PyMOL 命令通过 uv 在主机上运行，使用 OSMesa 软件渲染，无需 GPU、显示器或 X server。结构文件必须先下载到主机。
主要能力：支持卡通表示与二级结构着色、B-factor（pLDDT）着色、AlphaFold pLDDT 置信度着色、特定残基高亮、表面与静电表面渲染、多链复合物着色、B-factor putty 分析、空腔与口袋可视化、多结构批量渲染、残基间距离测量、结合口袋缩放、蛋白-配体相互作用、双结构叠合与 RMSD、计算机突变、加载并修改已有会话等。
使用方式：需先安装 uv。脚本使用 PEP 0723 头声明依赖，uv run 会自动安装（含 pymol-open-source-whl）。脚本必须以初始化样板开头，设置 PYOPENGL_PLATFORM=osmesa，使用 cmd.png() 输出，始终保存 .pse 会话文件，并在结尾调用 cmd.quit()。加载结构后需用 cmd.count_atoms("all") 验证，若为 0 则报错退出。运行命令示例：uv run render.py。
限制：不适用于 AlphaFold 预测、对接或分子动力学模拟；若只有序列而无结构文件，需先获取结构。仅支持软件渲染，不可使用 cmd.draw() 或 cmd.ray() 硬件加速。大型会话可能超过 --max_output_mb 默认 500 MB 限制，可用 --max_output_mb=1000 调整。若 .licenses/pymol_LICENSE.txt 不存在，需提示用户查看 https://www.pymol.org/ 许可并创建记录文件。