用途：接收包含两条及以上蛋白质序列的 FASTA 文件，调用 EBI Clustal Omega 完成多序列比对，保存比对结果并围绕研究目标（相似性评估、保守结构域识别、关键残基分析）进行解读。
主要能力：使用 scripts/msa_align.py 包装脚本执行比对，脚本自动遵守 EBI 使用条款的速率限制；支持通过 -o/--output 指定输出文件；可基于比对结果计算多种指标，包括成对序列覆盖度、全局一致性、重叠一致性，以及多序列保守指数；支持将已知功能位点（如催化残基、结合基序）映射到比对列索引，进行局部保守性与区域特异性分析。
使用方式：先确保 uv 已安装并在 PATH 中，参照 uv 技能完成设置；确认工作区根目录存在 .licenses/protein_sequence_msa_LICENSE.txt，若不存在需提示用户查看 https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo 与 https://www.ebi.ac.uk/about/terms-of-use/ 的条款并创建记录文件；确保主目录存在 .env 文件；通过凭据技能安全获取 USER_EMAIL（Clustal Omega 任务跟踪所需）。输入须为纯文本 FASTA 文件，每条序列头以 > 开头。执行命令：uv run scripts/msa_align.py <INPUT_FASTA> -o <OUTPUT_FILE>。
限制与规则：必须使用包装脚本，不得自行编写 curl 或自定义 Python 请求；报告中必须说明比对由 EBI Clustal Omega 完成；不得编造比对结果或保守性指标，只报告比对文件中实际存在的内容；若使用该技能需在输出中提及。
适用场景：蛋白质序列相似性比较、保守结构域与关键残基分析、功能预测的保守性佐证或分歧证伪。