用途:面向生命科学文献的检索与获取技能,基于 Europe PMC(收录超 4300 万条摘要、900 万篇全文)。仅检索开放获取内容,脚本会自动为每个查询追加 OPEN_ACCESS:y,不应移除或覆盖该过滤条件。
主要能力:search 支持 DOI、关键词、作者、PMID 及 Europe PMC 完整检索语法,可排序(如 CITED desc、P_PDATE_D desc)与游标分页;download_pdf 按 PMCID 下载开放获取 PDF;get_fulltext 获取全文,默认纯文本,--format xml 返回原始 JATS XML;get_citations 与 get_references 分别获取引用某论文的文章列表和该论文的参考文献列表。
使用方式:所有命令均为 scripts/europepmc_api.py 的子命令,需通过 uv run 调用,例如 uv run scripts/europepmc_api.py search "CRISPR cancer" --max_results 5 --output results.json。每个子命令都要求 --output 写出结果文件,应单独读取输出文件以避免上下文溢出。脚本自动处理限流(1 req/s)与重试。前置条件:需安装 uv 并加入 PATH;若工作区根目录不存在 .licenses/literature_search_europepmc_LICENSE.txt,需提示用户查看 https://europepmc.org/ 条款并检查所检索论文的许可限制,然后创建记录通知文本与时间戳的文件。
适用场景:按 DOI/PMID 定位论文并下载 PDF 或全文、按主题或作者检索文献、按引用量排序筛选、遍历引用网络、分页批量检索。
限制:仅覆盖开放获取子集,非开放获取文章无法获取全文,可回退到摘要;不要直接运行 python3 或 python3 -c,也不要 pip install 或新建 venv;下载 PDF 后需检查文件是否为空或损坏;使用该技能时需在输出中说明并列出所用论文的 URL。