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clinvar-database

数据与分析

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更新于 10-15 21:53

技能介绍

用途:ClinVar 是人类基因组变异临床分类的主要共识记录,提供基于全球实验室声明的致病性标签(Pathogenic、Likely Pathogenic、Benign、VUS)等临床“金标准”。本技能用于查询特定变异的临床意义与星级(审核状态)、获取临床注释与断言标准、检索首选疾病名称及 HPO 术语、查找变异对照列表、检查冲突解释及提交机构。不适用于查询人群等位基因频率(用 gnomAD)、蛋白正常功能与遗传模式(用 OMIM)、预测新突变机制(用 AlphaGenome)、监测建议(用 GeneReviews)或 3D 结构(用 PDB/AlphaFold)。

主要能力:通过 uv run scripts/clinvar_api.py 提供四个子命令。count 统计匹配变异数;search 按基因、坐标或临床属性检索并自动分页,输出 total_count、fetched_count、variant_ids;summary 获取临床意义、审核状态、表型、基因、变异类型与分子后果;evidence 获取单变异完整记录,含等位基因坐标(GRCh38)、条件与本体、功能后果、结构变异详情、PubMed 引用及各提交者注释与断言标准。

使用方式:需先安装 uv 并确保在 PATH 中;在用户主目录创建 .env;可选 NCBI_API_KEY 将速率限制从 3 提升至 10 请求/秒,免费注册地址为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/。若工作区根目录无 .licenses/clinvar_database_LICENSE.txt,需提示用户查看 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ 条款并创建记录文件。示例:uv run scripts/clinvar_api.py search --query "BRCA1[gene]" --output results.json。

限制:search 默认 --retmax 0 表示获取全部,但“列出全部”或全基因请求须显式提高 --retmax(如 1000)以确保完整。Entrez 结果未排序,需本地按 last_evaluated 排序。API 不接受原始 DNA 序列,需用 HGVS、RS ID 或坐标语法。同义或非编码变异建议用 HGVS 而非坐标搜索。分子后果大小写混合,过滤时需不区分大小写。CNV 的 molecular_consequences 常为空,需结合标题与坐标判断。若遇 429 错误,需按凭据技能安全协议请求 NCBI_API_KEY 后重试。使用本技能须在输出中提及。