用途：为 AlphaGenome Atlas 网页应用（https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas）构造和校验深度链接，并自动生成链接与表格。
主要能力：支持四类链接生成——单变异探索链接（1-based chr:pos:ref>alt）、基因组位点/区间链接、带可点击链接的候选变异记录表格，以及 /atlas/track-predictions 的 Ref vs. Alt 轨迹预测链接。脚本自动处理 GENCODE v46 坐标提取、轨迹目录解析与 URL 合成，并自动为轨迹预测链接限定 i= 区间，避免页面延迟或卡死。
使用方式：通过 uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py 调用，子命令包括 variant、locus、table、track-predictions。例如：uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py variant "chr9:128225994:G>A" --biosample K562 --modalities RNA_SEQ,DNASE,CHIP_TF。track-predictions 支持 --variant、--gene、--gene_id、--interval、--biosample、--modalities、--tf、--rename、--legend_title、--format 等选项。
URL 参数：q 为必填搜索目标，支持 1-based 闭区间、基因符号、Ensembl ID 或 1-based 变异；m 为视图模式（locus、entity、variant、motifs）；i 为居中视口缩放区间；f 为逗号分隔的 KEY:VALUE 过滤条件；lItems 为布局项序列；scores、md、tpRenames、tpLegendTitle 用于轨迹预测页。变异必须使用 chr:pos_1_based:ref>alt 格式，不支持 rsID 或冒号分隔等位基因。
限制与注意：过滤条件中若仅含 ASSAY_TRANSCRIPTOR_FACTOR，RNA-seq 与 DNase 轨迹会被隐藏，需显式加入 SCORER_MODALITY:RNA-seq 和 SCORER_MODALITY:DNase；motif 实例与 CWM logo 仅在 pinned 轨迹上按碱基对分辨率渲染，需设置 i 为 ≤1 bp/px、窗口 ≤380 bp；拼接变异应同时绘制 RNA-seq 连续表达与拼接轨迹。具体收费、平台支持等信息暂未提供。