用途：根据用户提供的 UniProt Accession ID，从 AlphaFold Database 下载预测结构（mmCIF）与 Predicted Aligned Error（PAE）矩阵，并对结构置信度（pLDDT）、内在无序区域、刚性结构域边界和域间柔性做自动化启发式分析。
主要能力：fetch_structure.py 下载 .cif、_predicted_aligned_error.json 和 -metadata.json，并处理超大蛋白的片段回退；analyze_plddt.py 读取元数据 JSON，输出结构化、无序或混合的置信度评估；analyze_pae.py 读取 PAE JSON，用滑动窗口启发式检测刚性结构域边界。
使用方式：需先按 uv 技能安装 uv 并确保其在 PATH。若工作区根目录不存在 .licenses/alphafold_database_fetch_and_analyze_LICENSE.txt，需先提示用户查看 https://alphafold.ebi.ac.uk/ 条款，再创建记录通知文本与时间戳的文件。始终通过提供的脚本查询数据库，脚本会自动遵守速率限制。示例：uv run scripts/fetch_structure.py P00520 -o /path/to/output/；uv run scripts/analyze_plddt.py ./data/AF-P00520-F1-metadata.json；uv run scripts/analyze_pae.py ./data/AF-P00520-F1-predicted_aligned_error_v6.json。-o 必须使用绝对路径或相对用户项目根目录的路径。
适用场景：用户已有明确 UniProt ID 并希望了解结构置信度、无序区域和结构域布局。
限制：不适用于仅有蛋白名、基因名或氨基酸序列（无 UniProt ID）的情况；不用于搜索结构同源物（应使用 Foldseek）；不用于对自定义序列运行 AlphaFold 预测；不用于获取实验 PDB 结构（应使用 RCSB PDB）。不要自行计算结构域边界或评估无序，应依赖脚本输出。若脚本报告未找到规范条目而使用异构体，或蛋白超过 2700 个氨基酸，必须显著转达警告。若分析判定高度内在无序，应单独警告并建议不要进行全蛋白下游结构分析；若存在小型有序结构域，建议将后续分析限制在相应残基范围。需提醒用户每残基 pLDDT 嵌入在下载的 mmCIF 文件的 B-factor 列中。使用该技能时需在输出中提及。