用途：该技能用于分析 bulk RNA-seq 基因表达计数数据，基于 DESeq2 完成差异表达分析，适用于从计数矩阵出发的 RNA-seq 分析任务。
主要能力：按项目惯例组织分析目录（analyses/[FirstAuthor]_[GSE#]/），在 scripts/ 下创建编号脚本，在 results/tables 与 results/plots 输出表格和图表，并维护 analysis.md 与 plots/plots.md 文档。支持读取 count matrix、featureCounts、RSEM 等格式；进行 CPM 与总计数预过滤、文库大小与检测基因数等 QC、PCA 与相关性热图、DESeq2 建模（非配对、配对、多因素及交互设计）、结果提取、LFC 收缩（apeglm/ashr/normal）、VST/rlog 转换、模型诊断图、基因 ID 注释（org.Hs.eg.db 或 biomaRt）以及 GO 富集。
使用方式：先检查研究目录中的 CLAUDE.md 获取元数据，确定数据格式，创建编号脚本，逐步更新 analysis.md，并将图表输出到 results/plots/。脚本中使用 here 包管理相对路径，DESeq2 需要原始整数计数，样本顺序需与元数据一致。每个处理步骤需记录基因计数并输出 gene_tracking.csv 汇总表。
限制：资料未提供具体安装命令、版本要求、运行环境依赖或性能数据；部分内容（如 GO 富集细节、完整输出示例）在资料中未完整展开，需以实际项目文件为准。