microarray-analysis

用途：指导DNA微阵列基因表达数据分析，适用于分析微阵列数据、进行差异表达分析或给定GEO数据集时使用。主要能力：按Affymetrix与Illumina平台选择方法；在analyses/[第一作者]_[GSE号]/目录建立编号脚本（01_load_and_qc.R、02_normalize.R、03_differential_expression.R、04_annotate_genes.R、05_go_enrichment.R），并逐步更新analysis.md；使用here包保证路径可移植，避免硬编码绝对路径；跟踪各处理步骤的探针数量并输出汇总表；早期检查信号与检测p值矩阵中的NA值并绘图。Affymetrix流程使用affy、affyPLM包进行ReadAffy、mas5calls、fitPLM、rma及NUSE/RLE质控；Illumina流程用limma按检测p<0.05过滤、log2转换与quantile归一化。质控产出原始强度箱线图、密度图、检出率、样本相关性热图、PCA等；差异表达使用limma，支持配对、非配对及交互设计，并生成p值直方图、MA图、均值-方差趋势图；火山图y轴用FDR。基因注释可选用collapse_to_gene工具或AnnotationDbi按平台包映射。结果表与图按编号命名并在plots.md记录。限制：资料未提供具体安装命令、运行环境依赖版本、收费或价格信息，部分示例代码在资料中未完整给出。