用途：Scanpy 是面向单细胞 RNA-seq 的 Python 工具包，核心数据结构为 AnnData，用于完成从数据加载到细胞类型注释的完整分析流程。该技能还吸收原 AnnData 与 scVI/scANVI 路由，可在单细胞流程中处理 h5ad 容器并规划批次校正与潜在模型。
主要能力：支持读取 10X（sc.read_10x_mtx、sc.read_10x_h5）、h5ad（sc.read_h5ad）与 CSV（sc.read_csv）；质控（calculate_qc_metrics、filter_cells、filter_genes）；标准化与预处理（normalize_total、log1p、highly_variable_genes、regress_out、scale）；降维（pca、neighbors、umap、tsne）；聚类（leiden）；标记基因（rank_genes_groups 及热图、点图）；细胞类型注释；轨迹推断（paga、dpt）；差异表达与基因集打分（score_genes）；批次校正（combat）。
使用方式：导入 import scanpy as sc，按标准流程依次执行质控、标准化、降维、聚类与注释，结果可写回 h5ad 并导出元数据。附带脚本与模板：python scripts/qc_analysis.py input.h5ad --output filtered.h5ad --mt-threshold 5 --min-genes 200 --min-cells 3；可复制 assets/analysis_template.py 后修改参数运行。
适用场景：单细胞数据质控与可视化、UMAP/t-SNE/PCA 图、细胞聚类与标记基因识别、细胞类型注释、轨迹与拟时序分析、发表级图表、条件间差异表达。
限制：具体收费、价格与平台支持暂未提供；部分功能（如 Harmony、scVI）需依赖独立包；参数阈值需依数据质量调整。