用途:该技能面向 DNAnexus 云端生物医学数据分析与基因组学平台,帮助构建和部署 apps/applets、管理数据对象、运行工作流,并使用 dxpy Python SDK 开发与执行基因组学流水线。
主要能力:分为五部分。一是应用开发,用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python 或 Bash 应用,处理输入输出数据对象,用 dx build 或 dx build --app 部署并测试。二是数据操作,用 dxpy.upload_local_file() 与 dxpy.download_dxfile() 上传下载文件,创建带元数据的记录,按名称、属性或类型搜索数据对象,跨项目克隆数据,管理项目文件夹与权限。三是作业执行,用 applet.run() 或 app.run() 启动作业,监控状态与日志,创建子作业并行处理,构建并运行多步骤工作流,用输出引用串联作业。四是 Python SDK,使用 DXFile、DXRecord、DXApplet 等处理器、高层函数与直接 API 调用。五是配置与依赖,编写 dxapp.json 定义输入输出与运行规格,用 execDepends 安装系统包,打包自定义工具,使用 assets 共享依赖,集成 Docker 容器,配置实例类型与超时。
使用方式:安装 dxpy 用 uv pip install dxpy,登录用 dx login,验证用 dx --version 与 dx whoami。典型流程为上传输入文件、运行分析、等待完成、下载结果;也可搜索并批量下载文件,或编写带 @dxpy.entry_point('main') 的应用。
适用场景:生物信息学流水线(比对、变异检测)、数据处理工作流、质控与过滤、格式转换、测序数据上传、结果整理、多样本并行处理、多步骤分析流水线、长时间计算监控与失败作业调试。
限制:资料未提供具体收费、价格、平台支持范围或性能效果数据;使用需具备 DNAnexus 账号与项目权限,凭据不应硬编码在源码中。