用途:在工作站上运行 LAMMPS 分子动力学模拟,适用于 MD 模拟、能量最小化、平衡、产出运行及性质计算等请求。
主要能力:围绕 LAMMPS 输入脚本执行模拟,涵盖常见任务,如自扩散系数、径向分布函数、温度与压力等性质计算;支持 CPU 与 GPU 运行方式,并提供力场参数查找、单位换算和结果对照文献的流程说明。
必要用法:运行前需定位 LAMMPS 可执行文件,脚本中通过环境变量读取,例如 LMP="${LMP:-lmp}",可用 echo $LMP 检查配置。CPU 运行命令为 $LMP -in input.lmp;GPU 运行命令为 $LMP -sf gpu -pk gpu 1 neigh yes -in input.lmp。力场参数需自行查找,不能使用占位参数;每条 pair_coeff 应在注释中标注来源。输入文件通常包含 units 与 atom_style、lattice/create_atoms 或 read_data、pair_style 与 pair_coeff、fix nvt/npt/nve 与 timestep、thermo 与 dump、以及 run 或 minimize。性质计算可使用 compute msd、compute rdf 配合 fix ave/time。金属 EAM 势可参考 NIST Interatomic Potentials Repository 下载 .eam.alloy 或 .eam.fs 文件,并写作 pair_style eam/alloy 与 pair_coeff * * Cu_Zhou04.eam.alloy Cu。
限制与注意:力场参数并非由该技能提供,必须从文献中检索;若找不到参数,应继续查找或明确报告文献不可得,不能编造。模拟结果应与文献值对照,误差通常需在约 10% 内。常见问题包括 Unknown pair style、Bond atom missing、Out of range atoms 及单位不一致导致的温度或能量错误。设置文件位置、可用 pair style 列表等具体细节需按本机环境确认。