用途:该技能指导正确使用 FastFold Jobs API,完成蛋白质折叠任务的创建、等待与结果获取,并附带 OpenAPI schema 与脚本以保证行为一致。
认证:需在 FastFold 控制台创建 API key,通过 Authorization: Bearer <your-api-key> 发送。脚本会自动从项目当前目录或任意父目录的 .env 加载 FASTFOLD_API_KEY;也可用 export FASTFOLD_API_KEY="sk-..." 设置,环境变量会覆盖 .env。若未设置且未提供 --api-key,应复制 skills/fastfold-fold-job/references/.env.example 到项目根目录的 .env,并请用户粘贴密钥后确认,确认前不要执行任务。公开任务(isPublic: true)可无认证读取结果,私有任务需所有者密钥。
主要能力与用法:工作流为创建→等待→结果。创建任务用 POST /v1/jobs,需 name、sequences、params,可选 isPublic、constraints、from。等待用轮询 GET /v1/jobs/{jobId}/results,直到状态为 COMPLETED、FAILED 或 STOPPED,建议间隔 5–10 秒、超时如 900 秒。完成后读取 cif_url、pdb_url、metrics(如 meanPLLDT、ptm_score、iptm_score)并构建查看器链接。脚本示例:python scripts/create_job.py --name "My Job" --sequence MALW... [--model boltz-2] [--public];也支持 --payload job.json 或 --payload -(stdin)传入完整 JSON,用于多链、配体、约束或自定义参数。其他脚本:wait_for_completion.py <job_id> [--poll-interval 5] [--timeout 900]、fetch_results.py <job_id>、download_cif.py <job_id> [--out output.cif]、get_viewer_link.py <job_id>。所有脚本接受 --api-key 与 --base-url,默认使用 FASTFOLD_API_KEY 和 https://api.fastfold.ai。
复杂与非复杂任务:复杂任务(如 boltz-2 单复合物)结果有单个顶层 predictionPayload,使用 results.cif_url()、results.metrics();非复杂任务(如多链单体)每条序列各有 predictionPayload,使用 results[i].cif_url() 与 results[i].metrics()。脚本会处理两种情况。
状态值:PENDING、INITIALIZED、RUNNING、COMPLETED、FAILED、STOPPED。仅在 COMPLETED 时使用结果与查看器链接。查看器链接为 https://cloud.fastfold.ai/mol/new?from=jobs&job_id=<job_id>,私有任务需登录同一 FastFold 账户。
限制:资料未提供具体收费、价格、配额上限与平台支持细节,需参考 references/auth_and_api.md 等文件。