用途：PyOpenMS 为 OpenMS 库提供 Python 接口，用于计算质谱分析，处理蛋白质组学与代谢组学数据。可读写质谱文件格式、处理原始谱图、检测与定量特征、鉴定肽段与蛋白质，并运行端到端 LC-MS/MS 流程。
主要能力：附带 scripts/ 目录下可运行的脚本，覆盖常见高层工作流，优先运行脚本而非重写代码。功能包括：检查与转换（inspect_ms_data.py 汇总 mzML/mzXML/featureXML/consensusXML/idXML；convert_format.py 转换格式；process_spectra.py 信号处理链）；特征检测与定量（detect_features_metabo.py、detect_features_centroided.py、align_link_quantify.py、consensus_to_matrix.py）；注释（detect_adducts.py、accurate_mass_search.py、export_gnps_sirius.py）；鉴定（process_identifications.py）；化学（mass_calculator.py、digest_protein.py、theoretical_spectrum.py）；靶向与可视化（extract_chromatograms.py、plot_ms_data.py）。
使用方式：安装命令为 uv pip install pyopenms，可用 import pyopenms as ms 验证。脚本通过 python scripts/<name>.py --help 查看选项。常用命令示例保持原样，如 python scripts/inspect_ms_data.py sample.mzML --spectra-csv spectra.csv、python scripts/align_link_quantify.py s1.mzML s2.mzML s3.mzML --out-prefix study。导出到 pandas 时 FeatureMap.get_df() 列名为小写 rt/mz，ConsensusMap 提供 get_intensity_df() 与 get_metadata_df()。
适用场景：蛋白质组学与代谢组学的 LC-MS/MS 数据分析，包括特征检测、肽段/蛋白质鉴定、无标记定量、多样本对齐与共识连接、注释及导出 GNPS FBMN、SIRIUS、mzTab 等。
限制：3.5.0 API 有变更，旧教程和代码会失效，如 FeatureFinder("centroided") 已移除，idXML I/O 需使用 ms.PeptideIdentificationList()，加合物使用 Elements:Charge:Probability 语法。pip wheel 附带 HMDBMappingFile.tsv 但不含 HMDB2StructMapping.tsv，accurate_mass_search.py 会检测并说明如何提供。其他收费、平台与性能等细节暂未提供。