用途：该技能为 nf-core/pacsomatic 提供可复现的执行工作流，面向从 BAM 文件运行配对肿瘤-正常分析的用户，统一处理校验、产物生成与可选执行。
主要能力：核心入口为 scripts/run_pacsomatic.py，可校验必需标识符、文件、参考模式与运行时前置条件；生成兼容 pacsomatic 的样本表（patient,sample,status,bam,pbi）；生成 params YAML 与启动脚本以便复现；支持 dry-run 校验以及 run/submit 执行路径。
使用方式：必需输入包括肿瘤 BAM、正常 BAM、患者 ID、肿瘤样本 ID、正常样本 ID、输出目录，以及 --fasta 或 --genome 二选一的参考模式；可选 profile、资源、调度器账户/队列、pipeline 版本（-r）、params 文件、resume/report/dag 标志、--dry-run 与 --run。默认在仅需检查时使用 --dry-run，仅在需要执行/提交时使用 --run。调度器模式需附带对应资源参数，并在可用时返回作业 ID。
适用场景：从 BAM 运行配对肿瘤-正常分析、生成或修复样本表与启动产物、本地执行或提交到 LSF/Slurm/PBS/SGE、执行前 dry-run 校验、排查启动失败或汇总运行输出。
限制：不用于超出运行级健全性检查的深度生物学解读；不用于编辑流程内部，除非明确要求。执行失败时应报告首个失败点及后续排查目标（.nextflow.log、pipeline_info、失败任务日志）。配置以 config.yaml 为基线，可在调用时覆盖。单元测试命令：python -m unittest discover -s tests -v。