用途:Nextflow 是构建可复现、可移植、可扩展数据流水线的工作流语言与运行时,适用于生物信息学等数据密集型计算;nf-core 在其之上提供生产级流水线、可复用模块与工具。本技能覆盖运行现有流水线,以及开发、配置、测试和部署自有流水线。
主要能力:采用数据流编程,process 任务由 channel 连接,执行顺序与并行度由数据依赖推断;同一流水线通过配置/配置文件即可在本地、HPC(SLURM、SGE、LSF、PBS)和云(AWS Batch、Google Batch、Azure Batch、Kubernetes)运行;通过每任务容器(Docker/Singularity/Apptainer/Conda/Wave)、-resume 缓存和固定流水线版本实现可复现性;DSL2 为现代必需语法。
使用方式:需 Bash 与 Java 17 或更新版本(支持 17–25)。安装:curl -s https://get.nextflow.io | bash,或 conda create -n nf -c bioconda -c conda-forge nextflow nf-core;nf-core 工具可用 pip install nf-core。运行 nf-core 流水线先做冒烟测试:nextflow run nf-core/rnaseq -profile test,docker --outdir results;正式运行固定版本并传参:nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.14.0 -profile docker --input samplesheet.csv --genome GRCh38 --outdir results -resume。单横线 -profile 选择配置,双横线为流水线参数,-resume 复用缓存,-r 固定版本。
适用场景:运行或调试 nf-core/自定义流水线;编写或修改 .nf、nextflow.config、profiles、nextflow_schema.json;开发与测试 nf-core 风格模块/子工作流;配置执行器、容器与资源并扩展到 HPC 或云;构建可复现的科学/生物信息学工作流。
限制:资料未提供具体收费、价格或效果信息;需自行确认环境依赖与版本兼容性。