SuperAPI AI 工具集

neuropixels-analysis

数据与分析

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更新于 10-15 21:39

技能介绍

用途:面向 Neuropixels 高密度细胞外电生理记录,提供从原始数据到可发表单元的完整分析流程,基于 SpikeInterface,并参考 Allen Institute 与 IBL 的实践。

主要能力:支持 Neuropixels 1.0/2.0(含 4-shank)探针;读取 SpikeGLX(.ap.bin/.lf.bin/.meta)、Open Ephys(.continuous/.oebin)与 NWB 格式;预处理含高通滤波、坏通道检测、phase_shift 相位校正与共参考;漂移检测与运动校正(rigid_fast、kilosort_like、nonrigid_accurate、dredge 等预设);spike sorting 支持 Kilosort4(需 CUDA GPU)、SpykingCircus2、Mountainsort5、Tridesclous2;计算 SNR、ISI 违规、presence ratio、amplitude cutoff 等质量指标;支持阈值、UnitRefine 模型与 AI 辅助的单元筛选;导出 Phy、NWB 与图表报告。

使用方式:需 Python ≥ 3.10,推荐 uv 安装:uv pip install "spikeinterface[full]" probeinterface neo;排序器按需安装 kilosort、mountainsort5 等;模型筛选需 huggingface_hub 与 skops。仓库提供 scripts/ 下可运行脚本(如 neuropixels_pipeline.py)与 assets/analysis_template.py 模板,命令示例:python scripts/neuropixels_pipeline.py /path/to/spikeglx/data output/ --sorter kilosort4 --curation allen。

适用场景:Neuropixels 记录的全流程分析、多脑区记录、需要可复现的排序与筛选流程。

限制:Kilosort4 需 CUDA GPU;模型筛选需信任来源并建议用人工标注子集验证;AI 辅助需在支持智能体的环境中运行或配置 API 密钥;具体收费与平台支持暂未提供。